与一般空调系统相比，排风系统在净化空调系统中更具有举足轻重的地位。对于净化空调系统，处理新风所需能耗更多，而且新风量增加将加重过滤器负荷，缩短其使用寿命。此外因洁净室气密性好，而通道较迂回，较一般车间疏散障碍多，因此对排毒、防爆、防火等的排风安全性更苛求。排风量大就意味着补入的新风量要多，系统的初投资与运行费都将相应上扬。对于制药厂工业来说，还有防止排风携带某些强致敏性或毒性药物污染大气，以及回收排风中所携带的药物有效成分等问题。
防止生产过程所产生、发散的粉尘或其他有害物污染室内空气最有效的方法是：在有害物产生地点直接将其捕集起来，经过必要的净化处理后排至室外。这种通风方式称为局部排风。其特点是所需风量小，效果好，设计时应优先采用。为了提高捕集效率，宜在污染物发生处设置与工艺设备相配合的局部排风罩。在不妨碍操作的条件下，应尽可能使排风罩把污染源包围和封闭起来，操作的敞口尽可能小。这样既可以减少其向室内扩散，又可用较小的排风量，有效地带走污染物。例如压片机和胶囊填充机常采用透明树脂材料制成的所谓围帘式吸尘罩，把整个机器罩起来。而搅拌机和筛滤机等设备的投料部分常采用外装式吸尘罩。此外还有向上抽风式、侧面抽风式吸尘罩、小室式、容器式吸尘罩等多种形式。需密切与工艺配合，选取适宜的形式，科学地确定其排风量。
排风罩的吸气口宜尽可能靠近污染发生源，一方面因为吸气口处的气流流型属于汇流，速度衰减快，作用范围小。距离稍远抽吸效果明显减弱，不利于排走污染物。如果要有效控制污染物的扩散，在距离不当的条件下，只得加大排风罩，同时提高吸入速度。这样就使排风量可能成倍增加。排风罩在位置适当的前提下其罩面吸入速度的大小也很关键。吸入速度偏小固然不利于排走污染物，但值得注意的是药厂很多工艺过程的产尘就是药品本身或者是其辅料。过大的吸入速度，将增大药品耗损，加大排风系统能耗，以及加大排风末端分离设备的容量及负荷。特别是固体制剂的各制造工序，在生产过程中伴随产生的尘埃，并非别的污染物质而是药品本身，一般说来并没有实际危害，当然本身很清洁的粉尘经过长时间搁置后会受杂菌污染和其他医药品的交叉污染。因此在确定排风量时不宜盲目加大安全系数。
如果由于生产条件限制，有害物发生源不固定等原因，不能采用局部排风，或采用局部排风后，室内污染物浓度仍超过允许值时，在此情况下，再考虑采用全面通风。全面通风也称为稀释通风，它一方面用清洁空气稀释室内空气中的污染物、有害物浓度，同时不断把污染空气排至室外，使室内空气中污染物、有害物浓度控制在相关标准规定的最高允许浓度以下。
采取防倒灌措施的目的是，防止空调净化系统停止运行时，室外空气倒流入洁净室，引起污染和积尘。一般常用的措施是在排风通路的适当位置设中效过滤器或设止回阀，或同时设置。对制药厂的大部分排风系统来说，为了回收药尘和防止排风污染厂区，在排入大气前都经过旋风除尘器、袋式过滤器等分离装置，而青霉素等致敏性药品的排风系统末端还设有高效空气过滤器，更具备了阻止室外脏空气倒灌回洁净室的能力，因此，一般不再需要另行考虑防倒灌措施。某些药厂对排出的有害气体采用水封措施，水中放置中和、分解有害气体的化学物质，既化解了排出空气中的有害成分，又兼有防止倒灌的作用。
洁净室内排风系统的风管、调节阀和止回阀等附件的制作材料和涂料，应根据排除有害物的性质及其所处的空气环境条件确定。排除腐蚀性气体的风管可采用塑料风管。排风管穿过防火墙处，应设置防火阀。
含有易燃易爆物质的局部排风系统，应有相应的防火、防爆措施，如选用防爆风机等。
要特别注意药厂排风系统的排风口与空调系统的新风采气口保持足够的水平距离及高差。青霉素等强致敏性药物、某些甾体药物、高活性、有毒害药物的排风口应装置高效空气过滤器，使这些药物引起的污染危险降低到最低限度。其排风口与其他药物操作室空调系统的新风口之间，更应保持一定距离。
正因为排风口作用半径小，有效范围局限，因而室内气流运动走向主要决定于送风。所以送风与排风口、污染发生源等平面位置、空间相对关系在设计时显得十分重要。
